1、主体和责任不一样
个体工商户不具备法人资格，公司具备法人资格。个体工商户是无限连带责任法律如果生意亏本了要承担所有的债务，有限责任公司是有限连带责任的要是生意亏本了无法偿还债务可以向法院申请破产，如果你公司欠债60但你公司注册资本只有12万，申请了破产只要赔偿12万就可以。
2、名称不一样
个体工商户的名称不能带有公司的字样；而有限公司就可以，带有公司的名称感觉也高大上一些。
3、一个个体户只能有一家经营场所，而有限公司可以开多个分公司。一个人也只能注册一家个体户，公司可以开多家。
4、注册资本的要求不一样
个体户注册时没有注册资本的最低要求；有限公司注册时要求最低注册资本为3万元，不过是可以认缴的不用实缴。
5、报税，税收要求不一样
个体户一般会由税务局按照个体户的情况定税，每个月按照额定的金额交税。还要交一种税就是如果有经营所得开了发票就得按照个人所得来交个人所得税。有限公司就有税收优惠政策，小规模季度开票不超过九万就免交增值税，还有个企业所得税是按照会计根据经营情况做出的财务报表利润多少来交，有利润就要交，没有就不会交企业所得税。
二、个体户和有限公司的注册流程
个体户注册流程：
1、去管辖个体工商户经营场所所在工商部门申请营业执照的办理；
2、准备好名称，名称组成=行政区划+字号+行业+组织形式，填好申请表格，核准公司名称；
3、名称通过后，办理开业登记申请，填好表格，工商管理部门就可以进行设立登记的受理了
4、个体工商户营业执照办理一般只需三个工作日，效率比较高的代理公司，当天就可以拿到执照了。
有限公司注册流程：
1、首先你得想好注册什么类型的公司，服务范围是什么，也可以看看同行的一些业务范围作参考。
2、取个公司名称（深圳+字号+行业+有限公司），可以多想几个名称去核名，以防和别人同名。
3、法人以及全体股东监事（至少两人）证件信息、个人u盾或数字证书（作为网上电子签名使用）。
4、了解法人、股东、监事各项职能。
5、明确好注册资本（3万以上，可以认缴可以不直接实缴），关于注册资本填多少合适，小编博客里有专门一篇文章介绍，可以参考下。
7、需要有经营地址。
总结：如果只是一家小便利店或者快餐店衣服店之类的，基本上客户很少需要开发票的，可以考虑注册个体工商户，注册也简单，也不需要找会计去做账，比较省事。要是开餐厅，超市，贸易之类的客户经常需要发票就可以考虑注册有限公司，还方便向银行贷款。
有限公司是一种法律实体，具有独立性和法律责任，因此可以参与许多商业活动。是否能够盖三方协议主要取决于协议的性质和公司的规定。如果该公司的章程明确规定了可以签署三方协议，则该公司可以盖章。但是，如果该协议可能涉及公司的重大权利和义务，建议在征得法律咨询和公司管理层的意见后签署。
有限公司和商行是两种不同的企业组织形式，它们各有优缺点，选择哪种更好取决于企业的具体情况和经营者的需求。
有限公司是一个法律实体，股东的有限责任保护了他们的个人财产，公司债务不会影响股东的个人财产。有限公司的优点还包括公司治理结构规范，有利于长期发展。然而，有限公司的缺点是设立和运营的程序比较复杂，需要提交的资料较多，且需要专业的会计师和律师进行管理和法律咨询。
商行则是一种商业组织形式，通常规模较小，经营者与所有者是同一人。商行的优点是设立简单，运营灵活，可以快速做出决策。但是，商行的缺点是缺乏法律保护，如果商行破产，所有者的个人财产可能会受到损失。
因此，对于想要长期稳定发展的企业来说，有限公司可能是一个更好的选择。而对于小规模、家庭式经营的企业来说，商行可能更为适合。当然，这只是一般情况下的结论，具体选择还需根据企业的情况和经营者的需求进行评估。