农药经营许可证电商版和实体店版的主要区别在于其销售渠道和运营模式的不同。

农药经营许可证电商版主要是为在线销售农药的电商平台设计的。这些电商平台如淘宝、京东等，允许卖家在平台上开设店铺，销售农药产品。

对于想要在电商平台上销售农药的卖家，他们需要获得农药经营许可证电商版。

这种版本的许可证要求卖家具备一定的农药知识和销售技能，同时要求电商平台对卖家进行严格的审核和管理，以确保销售的农药产品符合相关法规和安全标准。

而农药经营许可证实体店版则是为实体店铺设计的。这些实体店铺可以是农资店、农药专卖店等，直接面向消费者销售农药产品。对于实体店铺来说，他们需要获得农药经营许可证实体店版。

这种版本的许可证要求店铺具备一定的经营资质和条件，如固定的经营场所、合格的农药储存设施等，同时要求店铺的经营者具备相应的农药知识和销售技能。

总的来说，农药经营许可证电商版和实体店版的主要区别在于其销售渠道和运营模式的不同。

无论是电商平台还是实体店铺，都需要获得相应的农药经营许可证，并遵守相关法规和安全标准，以确保销售的农药产品安全有效。