1.提交申请
申请人可先在网上提前预约申请，或直接到现场提出申请，并按照规定填写《中国公民出入境证件申请表，准备好需要提交的相关证明材料。
2.数码照相
申请人需要提交本人数码照片两张，可直接在现场进行拍照(亦可在公安局认可的拍照点拍照，需领取照片回执)。
3.采集指纹
申请人在工作人员的指引下进行指纹采集或者核验指纹(左右手大拇指)，16周岁以下的申请人是否采集指纹根据其监护人的意见确定，采集后拿号等待办理。
4.受理申请
工作人员对申请人提交的材料进行初审，并出具缴费单给申请人(如果申请人希望使用免登记自助通关，应同时签署《免登记使用港澳地区自助查验通道声明)。
5.缴纳费用
申请人到指定窗口缴纳办证及签注所需的费用，制证费用100元，签注费用以签注类型而定，并领取回执单。
6.制作证件
受理申请后，由省公安机关出入境管理机构负责制作电子港澳通行证，并将制作好的证件送回接受申请的出入境管理机构。
7.发放证件
一、受理部门
内地居民申请赴港澳商务签注，由其工作单位所在地公安机关出入境管理部门受理。
二、申请条件
1、受单位派遣赴香港或者澳门商务。“单位”是指：经国家工商管理部门登记注册，具有独立法人资格的企业及其分支机构，或者在国家税务部门办理了税务登记且有生产经营的单位以及境外企业常驻内地代表机构。申请3个月或者1年多次商务签注，所在单位须事先向所在地公安机关出入境管理部门登记备案。
2、个体工商户经营者赴香港或者澳门商务。
三、申请材料
内地居民申请赴港澳商务签注，应当按要求填写《中国公民出入境证件申请表》，回答有关询问并提交下列材料：
1、有效往来港澳通行证(同时申请往来港澳通行证的除外);
2、与申请事由相应的证明材料;
3、常住户口在未实行“按需申领护照”的地区，或者属于登记备案人员、军人的内地居民，还须按相关规定提交工作单位或者公安派出所意见。
四、与申请事由相应的证明材料
1、受单位派遣赴香港或者澳门商务，已办理登记备案的单位人员，须提交登记备案证明和派遣函;未办理登记备案的单位人员，须交验经年检的工商营业执照副本或者有关登记证书和税务登记证书、社会保险凭证原件，并提交复印件和派遣函。
2、个体工商户经营者申请赴香港或者澳门商务，须交验经年检的工商营业执照副本和税务登记证书原件，并提交复印件。
五、签注种类、出境有效期、往返次数和备注
1、已办理登记备案的单位人员，赴香港可以申请3个月一次签注、3个月多次签注、1年多次签注，赴澳门可以申请3个月一次签注、3个月多次签注，每次在香港或者澳门逗留不超过7天。
2、未办理登记备案的单位人员，个体工商户经营者，可以申请3个月一次签注，在香港或者澳门逗留不超过7天。
3、驾驶往返内地与香港交通工具人员，可以申请3个月多次签注、1年多次签注，驾驶往返内地与澳门交通工具人员，可以申请3个月多次签注，每次在香港或者澳门逗留不超过7天。
六、工作时限
申请人持有有效往来港澳通行证申请商务签注，在7个工作日内予以签发。
对于遇有特殊情况急需赴香港或者澳门的申请，公安机关出入境管理部门按照急事急办的工作原则，优先审批办理。