清道夫是常见的工具鱼，也是清理效果最好的。这种鱼本身生活在水体的底层，嘴也长在下部，方便它吸食水底的残饵和污物，从而能够避免水质的恶化。需要注意的是，清道夫只能在短期内改善水质，因为它本身也会排泄。
欧洲鲇鱼是。
因为欧洲鲇鱼喜欢吃小型底栖生物和藻类等底层食物，同时也容易被人工养殖，且味道鲜美。
此外，还有一些其它能够清理底层残渣的鱼类，如黄鳝和沼泽龟，但它们并不被广泛养殖，因此不太常见。
生物清理底砂，一是吃掉隐藏在地煞缝隙的生物残渣，而是制造水流，带动鱼粪或者是一些不能吃的脏东西，让其被过滤吸收。
适用于清楚底砂的生物一般都选择一些鳅类，或者是一些喜欢翻动底砂，打洞的鱼类。这里我推荐泥鳅，或者条鳅，虾虎，金苔鼠。这些鱼可以翻动底砂，制造较强的水流，帮助过滤系统吸收脏东西。