马自达的自动启停功能在正常情况下是不会对电瓶造成太大的伤害的。这是因为自动启停功能的设计初衷就是为了在不影响车辆正常使用的情况下，尽可能地减少发动机的运转时间，从而降低油耗和排放。

在自动启停功能工作时，车辆的电瓶会提供一定的电力来支持车辆的运行，例如供应给车辆的音响、空调等用电设备。但是，这种电力消耗是在正常范围内的，不会对电瓶造成过度的损伤。

此外，现代汽车的电瓶技术已经非常成熟，大多数车辆都采用了免维护电瓶，这种电瓶具有更高的耐用性和更长的使用寿命，能够满足自动启停功能的需求。

然而，如果车辆长时间处于高温、低温或者高湿度的环境下，或者电瓶本身存在质量问题，那么自动启停功能可能会对电瓶造成一定的影响。因此，车主需要定期检查电瓶的状态，确保其正常工作。

总之，马自达的自动启停功能在正常情况下是不会对电瓶造成太大的伤害的，但是车主仍然需要注意电瓶的保养和维护，以确保其正常工作。