根据最新的信息，昌吉居民医保住院指定的医疗机构包括昌吉市人民医院、昌吉县人民医院、呼图壁县人民医院、米泉市人民医院、阜康市人民医院等。这些医院都是昌吉地区医保局认可的定点医疗机构，居民在住院治疗时可以选择就诊。请注意，具体的指定医院名单可能会根据实际情况有所调整，建议咨询当地医保局或相关部门获取最新信息。