黄山松鼠一般在春季和夏季繁衍，雄性和雌性松鼠会在树林中建立自己的领地，通过嗅觉和视觉来吸引异性。在交配时，雌性松鼠会发出特定的呼叫声，与雄性产生互动，之后交配完成。
孕期大约为35天左右，母松鼠会在树洞里产下2-7只幼崽。幼崽出生后，母松鼠会持续照顾它们，喂养和保护，直到幼崽独立为止。通常，幼崽们会在三个月左右开始独立活动，性成熟则需要约一年时间。黄山松鼠的繁衍是松鼠族群的重要保持方式。
小松鼠因为牙齿还没有发育完全,体质也比较弱,所以正常情况下是要吃母乳的,如果没有母乳的话,我们就要用其他的奶类替代,那么稍微长大一点儿的松鼠就可以吃坚果、蔬菜、水果一类的食物。
首先,小松鼠刚出生之后,是需要吃母鼠的奶。那么在我们将小松鼠抱离母鼠之后,就需要给它吃奶粉,可以是罐装奶粉,大概每天喂4~5次,每次喂的量大概在3~4ml。一次不能喂食过多。容易撑坏小松鼠,随着松鼠的长大,喂食,喂奶的数量也随之增加。
黄山松鼠是通过交配繁殖的。
黄山松鼠一般在9~10个月龄就可达到性成熟并可开始配种，全年均可交配，以4~5月为发情旺季，此时受胎率较高。雌鼠的妊娠期约为110天左右，在预产前1~2周，可将怀孕母鼠移入产仔箱。